故事以前作《科學小飛俠Crowds》的後續劇情展開。距離「立川事件」已經過了一年，當初貝爾庫·卡切賦予爾乃美家累的力量「CROWDS」在日本首相菅山的推廣之下已在人類社會當中廣泛普及。然而仍然存在着對此感到不滿的人們，此時菅山遭到不明人士的襲擊，GATCHAMAN的全新戰斗就此揭開序幕。